Sequenciamento de Longo Alcance Revela Variantes Novas Ligadas ao Autismo
O sequenciamento de longo alcance revelou variantes relacionadas ao autismo que o sequenciamento de curto alcance não consegue detectar. Confirmado por dois estudos pré-publicados no medRxiv em julho.
O Que Disseram os Especialistas
“Esses são dois ótimos estudos de laboratórios renomados. Eles apresentam argumentos convincentes para o sequenciamento de longo alcance,” afirma Michael Gandal, professor associado de psiquiatria, genética e pediatria na Universidade da Pensilvânia. Ele não participou de nenhuma das pesquisas, mas acredita que essa técnica pode se tornar a nova referência na área.
Comparação entre Métodos de Sequenciamento
O sequenciamento de corto alcance habitual processa fragmentos de DNA com cerca de 150 pares de bases. Mas enfrentamos dificuldades para montar regiões complexas ou repetitivas do genoma. Já os novos métodos de sequenciamento de longo alcance produzem sequências que chegam a milhares de bases, oferecendo uma melhor resolução para variantes estruturais e repetições. Contudo, essa técnica costuma ter um custo mais elevado.
Importância das Variantes Estruturais
Estudos em larga escala já identificaram centenas de genes relacionados ao autismo. Porém, uma parte significativa da hereditariedade do autismo ainda não possui explicação. Parte dessa variação pode vir de variantes estruturais que os sequenciamentos de curto alcance não conseguem identificar adequadamente, conforme explica Jonathan Sebat, professor de psiquiatria na Universidade da Califórnia, San Diego.
“Enfim conseguimos identificar novos tipos de mutações que não são visíveis com o sequenciamento de curto alcance,” afirma Sebat.
Resultados das Pesquisas
Sebat e sua equipe conseguiram alinhar sequências longas a um genoma de referência, analisando 243 pessoas de 63 famílias onde pelo menos uma criança apresenta autismo. Comparando as sequências longas com dados de curto alcance, identificaram 15 variantes raras de novo associadas ao autismo, sendo que três delas foram detectadas apenas com sequenciamento longo.
Outra pesquisa adotou uma abordagem diferente: em vez de alinhar dados de sequenciamento a um genoma de referência, o grupo utilizou sequências longas para construir montagens genômicas personalizadas. Eles estudaram 189 pessoas de 51 famílias com crianças autistas sem origem conhecida, identificando três SVs que afetam genes já relacionados ao autismo, assim como nove outras SVs relevantes que passaram despercebidas no sequenciamento de curto alcance.
Aumento na Detecção de Variantes
Ambos os estudos concluíram que o sequenciamento de longo alcance aumentou o número de variantes ligadas ao autismo descobertas em 4 a 6%. Embora essa porcentagem possa parecer modesta, Evan Eichler, professor de ciências genômicas na Universidade de Washington, ressalta a importância de encontrar todas as variantes raras, pois elas podem atuar de forma sinérgica aumentando a probabilidade de autismo.
A Importância da Compreensão das Variantes
Sebat detectou mais 44,647 SVs, das quais 16,488 não foram encontradas em análises anteriores
Análise de Faseamento Cromossômico
O sequenciamento de longo alcance também permite o faseamento cromossômico, que organiza alelos em cada cromossomo parental. Essa análise revelou correlações importantes com a síndrome do X frágil, indicando a necessidade de utilizar tanto sequenciamentos curtos quanto longos para obter resultados mais completos.
Limitações e Futuro do Sequenciamento
Devido ao alto custo do sequenciamento de longo alcance, ambos os estudos enfrentam limitações em termos da escala da tecnologia. Apesar disso, à medida que o custo do sequenciamento de longo alcance diminui, a técnica poderá ser amplamente aplicada, proporcionando resultados ainda mais significativos.
Em Resumo:
- Detecção Aumentada: O sequenciamento de longo alcance identifica variantes que o curto alcance não consegue, aumentando o entendimento sobre o autismo.
- Evidências Funcionais: Estudiosos descobriram mutações que podem impactar diretamente o desenvolvimento do autismo.
- Futuro Promissor: Com a redução de custos, o sequenciamento de longo alcance poderá se tornar padrão em pesquisas genéticas.
Fonte: www.thetransmitter.org